1986年10月，南京药学院扩建为中国药科大学，本厂更名为中国药科大学制药厂。
1985-1990年，获批新药和新产品27种。截止1989年，接受参加生产劳动和生产的实习生52078人次。
1990年5月初，接受联合国P28项目，受援压片机等40万美元的进口设备。
1991年工业总产值1326万元，销售收入1086万元，纯利润172.5万元，上交税金49.01万元。
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