1938年12月1日，经国民政府教育部批准建厂，定名国立药学专科学校附设实验厂，定址重庆磁器口镇。校长孟目的兼任厂主任。
1938年，生产出第一个产品：硫酸镁。
1940年5月，赶制5万粒防疫人丹，避免瘟疫的爆发。生产药用氯化钠，为前方战士提供消毒伤口和能源补给的必备药品。
1941年8月23日，日军飞机轰炸磁器口镇，本厂遭炸，损失严重。
1946年7月，本厂随校迁移至南京。金理文任厂主任。
1948年下半年恢复生产。
1949年10月，军管会派军事联络员王金城兼任国立药专党委支部书记，本厂仍为国立药专附设实验药厂